Hydraulisuodattimia käytetään missä tahansa hydraulijärjestelmän hiukkaskontaminaatiossa. Hiukkaskontaminaatio voidaan ottaa säiliön läpi, luoda järjestelmän komponenttien valmistuksen aikana tai tuottaa sisäisesti itse hydraulisista komponenteista (erityisesti pumpuista ja moottoreista). Hiukkaskontaminaatio on hydraulisen komponentin vian ensisijainen syy.
Hydraulisuodattimia käytetään hydraulijärjestelmän kolmessa keskeisessä paikassa tarvittavasta nesteen puhtausasteen mukaan. Lähes jokaisessa hydraulijärjestelmässä on paluulinjasuodatin, joka pyydystää hydraulipiirissä siedettyjä tai tuotettuja hiukkasia. Paluusuodatin vangitsee hiukkaset, kun ne tulevat säiliöön, mikä antaa puhdasta nestettä järjestelmän palauttamiseen.
Vaikka hydraulisuodattimet ovat harvinaisempia, niitä käytetään painelinjassa pumpun jälkeen. Nämä painesuodattimet ovat kestävämpiä, koska niihin kohdistuu täysi järjestelmän paine. Jos hydraulijärjestelmäsi on herkkä osa, kuten servo tai suhteellinen venttiili, painesuodattimet lisäävät suojapuskurin, jos säiliöön tulee kontaminaatiota tai jos pumppu pettää.
Kolmas paikka, jossa hydraulisuodattimia käytetään, on munuaissilmukkapiirissä. Offline-pumppu/moottoriryhmä kierrättää nestettä säiliöstä korkean hyötytehokkuuden suodattimen läpi (ja yleensä myös jäähdyttimen läpi). Offline-suodatuksen etuna on, että se voi olla erittäin hieno, mutta ei luo selkäpainetta ensisijaiseen hydraulipiiriin. Suodatin voidaan myös vaihtaa koneen ollessa toiminnassa.